细菌以菌群的形式广泛存在于地球上,了解菌群中细菌的组成和数量,对于研究菌群功能以及菌群如何影响宿主稳态等问题至关重要。然而,目前的技术难以在单菌水平上测定菌群组成。近期,日本科学家开发了一种对菌群中单个细菌进行高通量鉴定和定量的新技术,研究成果发表在《Nature Communications》期刊,标题为“High-throughput identification and quantification of single bacterial cells in the microbiota”。
这项技术被命名为BarBIQ(Barcoding Bacteria for Identification and Quantification,细菌条形码鉴定和定量技术),它基于16S rRNA基因测序和单细胞标签等技术,将单个细菌细胞进行分类群鉴定,并以高通量的方式对每个分类群进行量化,且实现了单碱基精度。科研人员将该技术应用于小鼠肠道微生物群研究中,鉴定并量化了来自小鼠粪便的3.4×105个细菌细胞的810个分类群,并发现了膳食维生素A缺乏下小鼠盲肠内菌群的微小变化。
BarBIQ可以准确可视化整体菌群和单个细菌,且具有高通量的优势,为开展菌群相关的广泛研究提供了新的工具。
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